Obec Vyšný Žipov a jej chotár sa nachádza v nadmorskej výške od 140 do 297 m.

V strede obce bola nameraná nadmorská výška 155 m n.m. Obec sa rozprestiera v severnom cípe Toplianskej nivy pod úpätím Beskydského predhoria v časti, kde hraničí Hanušovská pahorkatina s Merníckou pahorkatinou. Chotár je zväčša odlesnený a menší lesný porast sa nachádza v jeho východnej časti. V tomto poraste prevládajú dubohrabiny. 

Priamo v katastri obce sa nachádza pozostatok pôvodného koryta rieky Tople – mŕtve rameno, ktoré je vyhlásené za chránený prírodný výtvor (CHPV) s pôvodnou pobrežnou vegetáciou a vodnými druhmi rastlín. Mŕtve rameno je vhodným prostredím pre liahnutie sa obojživelníkov – skokanov, ropúch a kuniek.

Vyšný Žipov je známy bohatou vegetáciou aj v intraviláne. Najviac ozdobných krovín a drevín je v areáli základnej školy, ktorá sa zameriava na pestovanie našich aj introdukovaných druhov.